親自處置了多起重大環境污染突發事件，如2007年8月，黔南州福泉市宏福公司因潰壩造成清水江支流水體嚴重磷污染，接到應急監測任務后，她認真分析污染源情況，制定監測方案，確定24小時連續監測，每10分鐘采樣一次;2007年12月，接到都柳江嚴重砷污染應急任務，全站再次緊急出動，趕赴現場，及時查清污染源，為及時治理提供科學數據，使砷污染得到了有效控制;2009年3月，都柳江發生銻污染影響到兩個省區，省內其它監測站無銻標準物質，無法對污染物進行分析，監測任務全部落到州監測站頭上，孫建琴同志親臨現場，勘察地形確定監測方案 ，24小時連續監測分析，連續3個月查清污染源，再次圓滿完成了應急任務;2012年3月21日凌晨2點左右，接到州應急辦通知，凱里市飲用水源地上游運輸農藥車輛翻車泄露，泄露農藥進入了飲用水源地排洪溝內，全市飲用水告急，為了及時排除隱患，她連續兩天不眠不休，實地踏勘，制定處置方案，及時處理了污染事故，并得到了省領導好評。

　　除了做好本職工作外，還時時處處想著為環保公益事業多流一滴汗、出一份力。2010年加入呵護地球環保志愿者協會，應邀擔任名譽理事長一職，指導協會開展了一系列有影響的環保公益活動。